از آبان ماه ۱۳۵۱ تا تیر ماه ۱۳۵۲، دکتر به زندگی مخفی روی آورد. ساواک به دنبال او بود و از تعطیلی به بعد، متن سخنرانی‌های دکتر با اسم مستعار به چاپ می‌رسید. در تیر ماه ۱۳۵۲، دکتر در نیمه شب به خانه‌اش مراجعه کرد و دو روز بعد به شهربانی مراجعه کرد و خودش را معرفی کرد. بعد از آن روز به مدت ۱۸ ماه به انفرادی رفت.

شریعتی سپس در فروردین سال ۱۳۵۲ تحت شرایط ویژه‌ای آزاد شد که بر طبق آن اجازه تدریس، انتشار، و یا برپایی گردهمایی را چه به صورت خصوصی و چه عمومی نداشت. علاوه بر این، ساواک کلیه تحرکات او را به شدت زیر نظر داشت.

شریعتی این شرایط را نپذیرفت و تصمیم به هجرت از ایران گرفت. اما سه هفته بعد از ورود به سواتهمپتون انگلستان، به طرز مشکوکی از دنیا رفت. دلیل رسمی مرگ وی حمله قلبی اعلام شد. در ایران بسیاری از او با نام شهید یاد می‌کنند. شریعتی بر خلاف وصیت خود که خواسته بود بود وی را در حرم امام هشتم شیعیان در مشهد دفن کنند، در حرم حضرت زینب(س)، دختر امام حسین، در شهر دمشق به خاک سپرده شد.